結論から言うと、歩合給制に残業代は含まれませんから歩合給制でも残業代は支給されなければなりません。
理由は歩合給というのは、決まった労働時間の中での制度なので、そこに含まれない残業という時間に対しては残業代という報酬を払わなければならないからです。つまり、歩合給制というのは、定時の仕事についてね制度であって、残業などの想定されていない時間の報酬制度ではないという事になります。
ですから、そうした歩合給が適用されていない時間の労働については、その都度違った報酬制度で報酬を払っていく必要があるという事になります。そのため、土日などの休日出勤についても同じような事が言えるわけです。
このように聞くと歩合制は働いている人に有利で、経営者には不利なように感じるかもしれませんが、そのようなことはありません。ほとんどの場合において、この歩合を決める権利をゆうするのが経営側にあるからです。
歩合というのは能力によって出した成果に対して正当な報酬を貰う制度ですが、この成果をどれだけでたと見るのかの権利を持っているのが経営陣ということになっています。つまり、本人がどんだけ仕事をして成果を出したと感じても経営陣がそう感じないといえばそれで報酬は下がってしまうというシステムになっているということです。
日本の歩合給というシステムのほとんどがこうした上司の経営陣などの上の評価によって決まる仕組みになっているので、働いている人に有利とはならないということです。